Stejného hodnocení dosáhla i pětidveřová varianta Leonu.
Za ochranu dospělých cestujících získal Leon 94% z maximálního počtu bodů. Součástí testů je přesazený čelní náraz, boční nárazy do vozidla a sloupu a náraz zezadu. V kategorii ochrany dětí získal Leon 92 % z maximálního počtu bodů. U vozu je možné deaktivovat airbag spolujezdce pro případ instalace dětské sedačky proti směru jízdy.
Organizace Euro NCAP ocenila multikolizní brzdu a asistenční systém pro jízdu v jízdním pruhu, kterým je nový Leon vybaven. Cenu si na frankfurtském autosalonu převzal Dr. Matthias Rabe, výkonný viceprezident společnosti SEAT S.A. , zodpovědný za výzkum a vývoj.
Asistent pro jízdu v jízdním pruhu používá kameru za čelním oknem k identifikaci podélného značení na vozovce a zasahuje do řízení, pokud by hrozilo, že vozidlo opustí svůj jízdní pruh. Systém je primárně určen pro jízdu po dálnicích a hlavních dopravních tazích rychlostí vyšší než 65 km/h. Multikolizní brzda SEAT automaticky zpomaluje vozidlo v případě vážné havárie, aby zabránila případným dalším nárazům. Pokud je po první kolizi aktivován airbag, začne elektronicky řízený stabilizační systém brzdit vozidlo a zapne výstražná světla.